清华洞位于祥云县城南3千米的清华山，昆畹公路的南侧。属喀斯特地形石灰岩大溶洞，洞宽80余米，高30余米，深数百米，是一个天然大溶洞。

洞中右侧顶穹正中，有一道亮光通向山顶，被称为“碟大天”石孔。有关石孔，当地还流传着一个神话故事，传说当年孙悟空赶鲤鱼精进清华洞，洞中一片漆黑，于是悟空便用金箍棒朝洞顶戳了一个窟窿，透出一道光柱，这便是“碟大天”的由来。

清华洞是祥云县发现的最早的人类居住遗址之一，为滇西5000年新石器人类文明的典型洞穴遗址，素有“滇西第一洞”之称。

清华洞分前洞、后洞。前洞深、宽约30余米，高5米；后洞分二支，深不可测，洞内石花、石笋、石柱甚多，琳琅满目。前洞口右侧顶穹正中，右侧有小洞3个，时宽、时窄，洞壁大洞套小洞数十个。前洞中主洞位于洞口正中。洞内怪峰突兀、石笋倒挂、悬崖滴乳、落水有声。洞口壁上方有摩岩石刻，计24块，多为明代以来的宫吏及骚人墨客所作。

徐霞客曾两次进洞考察，名流杨慎、李元阳等在洞口有摩崖题咏20多处。清华洞又是新石器时代文化遗址，曾在洞口出土过梯形石斧、长条形石刀、陶纺轮、陶罐等大量文物。1993年，被国家林业部公布为国家级森林公园。

洞外有数十级石阶从地面直上洞口，洞口苍岩翠壁，林木成荫。山顶古树老藤，虬枝交错。石上苔藓斑驳，芳草藏袭。洞口已堵水成库，水面3平方公里，分两股岔道，一股长4公里，一股长2公里，可泛舟游览。清华洞旅游区集青山、绿水、溶洞、古树、奇花为一体，每年均有众多外地游客到此游览。