巍山境内有回族村寨21个，建有22座清真寺。清真寺的称谓始于明代，阿拉伯语称伊斯兰教寺院为“麦斯吉德”，意为叩拜真主之处。清真寺是穆斯林举行教仪和传授宗教知识的场所，最早建于明洪武年间，后来明末、清、民国年间先后建盖。随着历史演变发展，清真寺建筑形成了两大类特点：一类是西亚式建筑，高耸的尖塔（圆柱形、方形、多边形），尖拱形洞式门窗，大圆拱顶等为其主要特色，如小围埂清真寺、三家村清真寺、回辉登清真寺；另一类由于长期受汉文化的影响，清真寺建筑形成中国殿堂式建筑特色，如：大围埂清真寺、马米厂清真寺。

两类清真寺建筑分别代表着中外、古今建筑艺术特征而各显风彩。随着社会经济的发展和对外交流的扩大，近年来修建的礼拜大殿逐渐融合为中西合壁式建筑。外观造型上不再仿效大木架起脊式传统建筑，而是仿效阿拉伯风格和形式，最引人注目的特点是大殿顶上一组浑厚饱满的绿窗穹顶，两个小穹顶各居殿顶一方，簇拥着中间一个巨大穹顶。殿堂淡雅素洁，雕塑和彩画不多，乳白色壁灯，洁白墙壁，白色梁柱，内壁上刻有涂金的赞主、赞圣经文，具有朴实肃静的氛围。绿色穹顶，穹顶上托一弯新月，直插天际，与蓝天、白云、红日构成一幅典雅明快、艳丽醒目的色彩。

巍山传统清真寺建筑则注重完整的布局，有明显中轴线，建筑物布局井然有序，又突出主体建筑的高大雄伟，充分显示中国传统建筑注重总体艺术形象的特点。有的大门是中国古典式寺庙大门，礼拜大殿是中国大木架起脊式的建筑，并成功地将伊斯兰装饰风格与中国传统装饰手法交融一体。

庭院处理上富有中国情趣，遍植花草树木，立碑悬匾，不避世，不厌俗，颇有中国式的生活情致。巍山清真寺建筑遵守伊斯兰教的基本要求，从主要建筑设置来看，一般都有大门、叫拜楼、礼拜大殿。大殿内部正中有窑殿（称米合拉布），右侧有宣教台（称闵拜尔），是宗教人员讲“瓦尔兹”、念“忽图白”，即宣讲教义的地方。叫拜楼，又叫宣礼楼，是宗教职业人员召唤穆斯林快来礼拜高三至四层的亭阁式建筑。

回辉登清真寺一次可容纳5000多人礼拜，是巍山最大的清真寺。从方位而言，礼拜殿建筑必须座西朝东，窑殿必须背向正西，这是因为麦加“克尔白”在中国之西方，而伊斯兰教徒祝福礼拜祈祷都必须面向“克尔白”之故。伊斯兰教反对偶像崇拜，故殿中绝对不供奉偶像，也绝不用动物图形作为大殿装饰，而大多以《古兰经》经文为装饰。

巍山伊斯兰宗教艺术是十分丰富多彩的，比如在工艺、绘画、书法等方面也呈现出明显的特色，成为巍山县一笔珍贵的旅游资源。